@sirius2xanadu
まず初めにArrayMeshを行う前に一度メッシュの状態を確認していただいたほうが良いと思われます。Subdivisionがある場合には一度それらを消し、CloseHoleを行ってみてください。
おそらく最初の段階から穴がある状態(こういうメッシュをWatertightなメッシュでない状態といいます。例えると容器に水を入れると漏れる状態)となっており、その後、ArrayMesh→Unionメッシュを行っているため、穴がさらに複雑に発生していることが予測されます。
ブーリアン用のダミーを置くというのがいまいちわからないんですがその処理って必要です?