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1：UI内にてツールの小窓のものを追加した状態で、再起動を行ったもの
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2：カスタムUIを作成し、日本語名にし、追加した状態で再起動を行ったもの
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3：カスタムUIに本来標準で追加されていないサブツールのファイルを指定した状態（再起動前）
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4:再起動直後
これらからわかるように、標準でZBrushに搭載されている基本的なプリミティブをカスタムUIに入れることは問題ないのですが、別途読み込みの必要なメッシュ／プロジェクトファイルから読込の行う必要のあるサブツールに関しては、カスタムUIに追加することはできても、再起動後、メッシュがZBrush内に読み込まれていないため、カスタムUIに読み込まれないのは仕様となっています。
同様に、Maddyさんが利用しているcfgファイルにはおそらく左側のブラシパレット内に独自にカスタムを行ったブラシが追加されていたため、該当のブラシをStartupファイル内に追加を行っていないユーザーは、該当ブラシが存在しないため、空欄となります。
なので、
A.日本語名にて追加を行ったカスタムのパレットは再起動後、読み込む事ができない。→現時点では英語表記にて行うべき
B.パレットが日本語表記の際にショートカットキーが割り当てられない → A同様。
C.標準で入っていないメッシュを追加したものが再起動後読み込まれない →仕様です。
AとBに関しては先日開発者側に報告を入れました。調査が行われると思います。
Cに関しては仕様ですので、追加のメッシュは直で入れずに、IMMやZTLファイルのインポートなどを読み込みを利用しましょう。