検証を重ねた結果、表面的ではありますが原因なるものは突き止めました。
▽ツールパレットのツールボタンの小さい方をパネルに配置すると不具合が起こるようなんです。
改めてですが症状としては
ツールパレットの各コマンドを各パネルに配置したもの、それらをカスタムUI でカスタマイズしたものの変形、移動、消失が確認されました
とりあえずこの小さいツールボタンを配置しないことで今回の不具合の一連がないことが分かったので
この状態にしておこうと思います。
ですが「見当違いでまた再発した!」なんてことも十分あり得そうなのでとても心配です・・・
また、メニューコマンドをカスタマイズして配置したものが消える件に関してですが
上記の不具合とは関係なくコマンドが日本語であると消えてしまうみたいで、英語だと大丈夫でした。
(似たような症状に、コマンドが日本語だとショートカットキーが割り当てられないこともありました)
これらの症状は自分のパソコンだけがなるのでしょうか…
正常にする方法があるのなら是非そうしたいです