0:30あたりで、ペイント情報を非表示にしているが原因だと思われます。
この筆のボタンをオフにしてしまったので、塗ったマテリアルが非表示になり、
現在選択されているマテリアルが仮に表示されている状態になってしまっていると思います。
筆のマークは常にONの状態で試してみて下さい。
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(AskZBrushの方をみたところ、
この筆のマークがオンだと、マテリアル情報が保存されるよと、ホバーして説明しているところで、
その後サブツールを切り替えたため、まるで筆をオフにしたように見えますね。😣)