@wawon
端的に言えば仕様です。

スムーズを有効にしたディバイドをすると、トポロジーに新たなサブディビジョンレベルが加えられ、モデルの密度が低い場合には、全体のサイズが収縮します。メッシュに対する変化が多少ポジションにも反映されます。

例えば、球体をZリメッシャーした場合にも様々な要素が変わるため、ポジションの数値は変わりますし、ダイナメッシュでも変わります。

整数でないと気になるのはわかりますが、2unitを2メートルだとしても-0.00004m = 40マイクロメートルの誤差です。
造形に影響する規模の変化でない限りストロークをどこか一本入れたらその高低差分は発生しますし、気にするところではないと思いますよ。