@ニノマエ2
特定の操作を組み合わせた場合にその現象が発生しているのを確認し、現在調査中です。
一度最上位のサブディビジョンレベルのメッシュをOBJとして書き出し、新規サブツールにインポート。
その後、サブディビジョンレベルの再構築をすることで、とりあえずは回避ができると思います。