ありがとうございました！いろいろ探したら解決しました。たくさんのサブルーツの中にダイナメッシュが入っていて、そちらの有効をそれぞれ消したらできるようになりました。zsphereのせいだと思ってたら見当違いでした。すみません、初歩的なことですが、一人で勉強しているので質問できてありがたかったです。

作っているモデルの一つでSubtoolの下の方に表示されているmerge　Boolean　の表示がなくなります。
他のモデルだと表示されるのですが、どういう状態でmerge とbooleanが表示されなくなるのかわかりません。わかる人がいたら教えてもらえたらありがたいです。今のところ特徴としてはzspherを使っているレイヤーもあります。