現在のバージョンに不安を感じるようでしたらサポートに上記でSiriusさんが添付したファイルを含めお問合せをしていただいたほうが良いと思います。
そうすると、このメッシュは中心軸の有無に関わらず、Z軸に対称ではない(表と裏で、実は、かたちが違う。狂いが生じている)ということでしょうか?
対面のポリゴンに対して変に繋がるように指示を出していた可能性については、今までできていた方法でやっていたものですから、どうして、こうなったのか、わかりません。
いえ、単純にXとZ軸の2つの軸でシンメトリをしているので、中央線がないメッシュに対してQメッシュをXとZにそれぞれ操作をしています。すでにX軸のシンメトリで結合したのにも関わらず、さらにそこにZ軸の操作が重なっているので、操作上"混乱が生じても不思議ではない"ということを述べています。
今までもメッシュ上不具合の元となるような操作をしていたものの、たまたま今回の作業で発生しやすい形状に遭遇した。という場合もありますので一概にバージョンの違いによるものとは断定できないです。
一つ言えるのは、中央線がないモデルに1軸2軸問わず、シンメトリをZModelerで使用することは仕様上あまりおすすめしないという点です。
表と裏が同じ形で、側面は平坦。
まず、そのかたちから作り込んでいきたいのです。
移動する際にZModelerのブラシ範囲で頂点移動するのではなく、マスク→ギズモ3Dで移動するという方法や、2021以降では、ダイナミックサブディビジョンによる厚み追加と、ZModelerのエッジ押し出しがありますので、厚みがない状態の片面ポリをZModelerのエッジ押し出しで調整し、あとからダイナミックサブディビジョンで厚みを付ける方法が素早くできるのではないでしょうか。
ベストだと思う方法は人それぞれですので、ご自身で好みにあわせて模索していただいたほうが良いと思います。