返信ありがとうございます。一部解決しました。
kizakiaoiさんの指定通りに1〜4を行うとProjectAllの結果は問題ありませんでした。
問題が起きているモデルのサイズを調べてみるとY軸が0.4mmと小さかったので、40mm程度まで大きくした後に頭部のProjectAllを行うと問題はありませでした。
次に胴体と首の境目を見えにくくするためにProjectAllを行うと、こちらは挙動がおかしくなってしまいました。(ProjectAllの設定はいじっていません)
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先程、以前作ったモデルで首と胴体の境目をProjectAllしてみると問題なくできましたので、今回作っているモデルの何かが原因なのだと思います。