@dentyuu 使用しているソフトウエアがZBrushまたはZBrushCoreにもよりますが、ZPlugin> 3D Print Exporter を応用し、OBJにて書き出しを行うことで単一のサブツールとして書き出すことが出来ます。（寸法の指定をお忘れなく。）
ただ単に複数のサブツールを個別のOBJで書き出すことはZPluginのSubtool Masterを利用することで書き出すことも可能ですが、これ自体はサブツール毎に操作を行うため、それぞれのSubtoolで書き出されてしまうため、用途には合わず。
想定がOBJであるため、FBX ExportImportを利用した一括書き出しも行えないので3D Print Exporterが現実的です。
Coreの場合には個別に書き出しを行い、他のアプリケーションで１つにまとめる必要があります。