@starworshipper 様
@kizakiaoi 様

いただいたアドバイス・アイデアを参考に、選択エッジを含むポリゴンを１つだけ残し、それ以外を全部削除すれば、zmodelerのエッジのトランスポーズでギズモの軸が正しく向くようになりました。
そこで、回転軸用のツールとして選択エッジを含んだポリゴン数1のツールを複製して用意し、それのギズモで目的のツールをまとめて回転させれば解決しそうです！

@kizakiaoi 様
@starworshipper様

私が試したモデルはCAD(fusion360)で作ったものだったので、zbrush以外で作成したモデルデータをインポートしたのも軸が合わなくなる原因の一つとしてあるのではないかと、ふと思いました。好きなエッジ軸での回転は幾何学的な立体をモデリングする場合に結構役に立ちそうな機能だと思うので、今後のアップデートで追加されることを祈ります。ありがとうございます。

@kizakiaoi 様
色々と親切にアドバイス下さりありがとうございました。膨大なポリゴン数でも比較的動作が軽快なzbrushでできないかなと思いましたが・・。1つ目の方法がなぜうまくできないのか気になりますが、3DCADで調整します。

@kizakiaoi 様
パースやLiveBooleanは下記の通り、無効となっていますがなぜかうまくいきません。
https://gyazo.com/7a698a789a5981288946f981b98f15fc

2つ目の方法だと、目分量でエッジの終点(頂点)に合わせるので、小さなズレが気になってしまいます。

@kizakiaoi 様
返信ありがとうございます。早速試してみたのですが、ZModeler＞エッジ＞トランスポーズで表示されたギズモの軸と選択エッジの向きが合わないです。

ギズモ3Dでは、主にx・y・z軸を軸にしてメッシュを回転させることができますが、そうではなく、メッシュの任意のエッジを軸にして、そこから数値入力にて任意の角度だけ回転させることはzbrushで可能なのでしょうか。もしやり方ありましたら、ご教示お願いします。
目分量でエッジにギズモやトランスポーズアクションラインの軸を合わせるのではなく、きっちり正確に軸を選択したいのです。

コメント下さり、ありがとうございます!!
ねじれ部分は、トライ＆エラーの繰り返しです。龍の骨組みをローポリ(300ポリぐらい)で作りmoveブラシでちまちまいじりながら、ねじれを作成しました。ローポリなので案外全体を整えるのは簡単です。あとはカーブファンクションを使えば自動で骨組みに沿ってねじりがはいったカーブができます。(我ながらいいアイデアかなと少し思っています)。そのうち完成形もアップしたいと思っています。

ありがとうございます！
ctrl＋wでポリグループ化したと思い込んでしまっていたようです。お手数をおかけしてしまい申し訳ありませんでした。助かりました。

カーブブラシを使って、龍を作ってみました。
zbrush初心者ですが、鱗をうまく表現できたので、ざっくりとですが作り方を紹介します。

ステップ１　IMMブラシ作成　龍の胴体(鱗やトゲ部分)の基礎部分

ステップ２　カーブの道筋を作成　zsphereにて龍の胴体部分の骨組みを作成しました。
　　　　　　途中ねじれ部分を作成するのに苦労しました。黄色ポリが龍の腹です。

ステップ３　カーブファンクションにてクリース部にカーブストローク作成

ステップ４　カーブ描画　深度は０です。

ステップ５　頭と腕を作成しレンダリング

あとは、尻尾を作成して、頭・胴体・尻尾の３パーツでトライパーツとして
ひとつのimmブラシで描画できるといいなと考えているのですが、
なぜかうまくいかず、ヘルプにて質問しています。
尻尾と髭ができたら、レンダリングを頑張ってみようと思います。
全部zmodelerで作成したので、ローポリですが今後はもっと
ディティールを細かくしていきたいです。

同じ質問に対し、複数のトピックを作ってしまい、申し訳ありません。
ブラシデータをアップロードしました。
ＵＲＬは下記のとおりです。

http://prt.red/0/InsertMesh1

お手数をおかけしますが、
何か分かりましたらご返信下さいますよう
よろしくお願いします。