@RussulaEmetica
実作業に影響を与えるのでなければ、基本的にはpolymesh3Dの後に作業を行えばいいと思いますし、挙動の違いがわかっているのであれば「最終的に得たい結果に近い方」を利用すればいいのではないでしょうか。

前回でもお答えしたとは思うのですが「Polymesh3D前の状態」は基本的にはプリミティブの形状を変形することを目的とした内容となっており、複雑な形状に変形することを主眼と置いた機能ではないということを併記したいと思います。細かい操作を行う際にはpolymesh後zmodelerを利用してみてはどうでしょうか。