顔と首を作成し、ダボを打つ為に顔と首の接合部を作るのでしたら、このように内側に食い込む形状のダボにした方が良いと思います。断面同士を平面にすると断面が非常に目立つ形になります。
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球体みたいな曲面同士の場合、一度片方の面をCTRLキーを押しながらスケールでクリッピングなどで平滑にし、それを元にブーリアンをかける形になると思いますが、「断面同士が"水平"」になることはないです。
https://gyazo.com/b33ad58b12aa070a5148a7b58fdf4fc1
CTRL+SHIFT+ALTでカーブを曲げて切ることもできますが、球体同士を一回ブーリアンかけてしまったあとに断面を調整した方が嵌合的にも結果はきれいだと思います。