kizakiaoi様、ご返信が遅くなって申し訳ありません。

ご指摘いただいた通り、プロジェクトファイルを保存する際、
パスに日本語が含まれないフォルダを指定し、
ファイル名も半角英数字だけ使用したところ、
保存したファイルはダブルクリックからの直接起動に成功しました。

またこれまでエラーが出ていたファイルも
保存場所のパス、ファイル名ともに日本語を含まないように変更したら
同様に直接起動できました。

（なお最初の投稿で開けなかったDynaMesh_Sphere_32は、
一旦パソコンを再起動したら開くことができました。
ソフトを強制終了したのがまずかったようで、とりあえずは治りました）

推奨される開き方ではありませんが、長い間疑問でしたので解決して助かりました。
ここまでお付き合いくださりありがとうございました。