@kizakiaoi
ご回答ありがとうございます。
対応できました。

座標が変わる件はまた別の要因のようですね。
とりあえず現在困っていないのでまた問題があったらまた質問させていただきます。

ありがとうございました

使用ver ZBrush 2022.0.8

パーツを他から持ってくるために、プロジェクトからツール読み込みを使って読み込んだのち、コピー＆ペーストで移動させました。

その後サブツール内の挿入コマンド内、３Deshesにいつまでも読み込んだプロジェクトが残っているのを消したいのですが、方法はあるのでしょうか？

それなりに大きいファイルであったため、これのせいでファイル容量が増え保存に時間がかかるようになっている気がします。
プロジェクトを一度ツール保存して呼び出せばなくなりますが、それは避けたいのです。（モデルの座標が変わってしまうので）

方法をご存じの人がいればお教えいただきたいと思います。