方法としては2通りあり、
1.データで調整する場合には、減算する際にダボのサイズを調整して一回り大きくする。
2.出力後に調整する場合にはサンドペーパーでささっと削る。

基本的にはパテでの嵌合調整を出力後することも多いので自分の場合には2のほうで解決することが多いです。

1の場合にはギズモのスケールや、変形>サイズまたは形状によっては膨張や縮小を使うことがあります。