・再起動しても直らない。
・メインカラーを白に設定して、fillobjectをしても直らない。
・Zモデラーでポリゴンを貼りなおしても、一部直らない。

これらの操作ではマテリアルがリセットされないので、マテリアルをFlatColorマテリアルに切り替えてからFillObjectで塗りつぶす必要があります。

もう一つの方法としてはマテリアルが保存されないZTLファイル形式で保存をし、再度読み直すことです。