@yuki

以下の内容をチェックするといいと思います。

1.まず、実行時にエラーは表示されますか？
2.環境設定＞ジオメトリの穴埋めのモードが0になっていないことを確認してください。
3.CTRL+SHIFTで特定のポリグループのみ表示を行っていないか確認してください。
4.CTRL+左ドラッグにて更新を行った際に、穴が埋まるかどうかをお試しください。
5.他に、適当にライトボックス内のデフォルトのデータを開き、同様に穴が開いている際に穴埋めができないか確認してください。